在日本一个三刺鱼种群（但并不是第二个与之密切相关、分享同一生境的物种）中一个新形成的性染色体系统的发现提供了这样的证据：性染色体变化在引起生殖隔离和物种形成中所起作用可能要比以前所认为的更大。基因定位研究显示，新形成的X染色体包含雄性求偶行为基因，而先祖X染色体既包含行为隔离基因，又包含杂交种雄性不育基因。这些特征在该物种与在太平洋中发现的先祖形式之间构成一个有效的生殖障碍。